上世紀初，葡國區耶穌會士應澳門天主教區主教邀請，派遣會士往中國高要縣傳教。耶穌會秉承推廣本地文化與基督福音整合之精神，於 一九一七年，在廣東省肇慶府創辦海星中學，教育青少年。一九五○年因戰亂及政治形勢有異而停辦。隨後，耶穌會士戈振東神父等輾轉來澳，目睹澳門經濟蕭條，接觸貧困家庭無數，遂於一九五五年，在澳門高樓街復辦海星中學，為貧苦失學兒童提供基礎教育，傳揚福音，效法孔子，有教無類。至一九五九年，戈神父奉調葡萄牙，校長一職懸空。
　　 一九五五年，譚志清神父剛自歐洲返回澳門，在聖若瑟神哲學院任神師之職達十二年之久。五十年代大量移民抵澳，家境清貧兒童甚多。為解決其入學問題，一九五六年，譚神父遂被派往聖玫瑰學校兼任校長，一九五九年，譚神父接掌海星中學校長，校務蒸蒸日上，一九六四年及一九七四年，在風順堂上街一號，即聖若瑟修院內，增設初中部及高中部。同時，多蒙教區主教多方關懷及支持，於一九七五年七月，指派教區司鐸劉志超神父出任副校長。一九九五年，在高樓街原小學進行拆建，建立了現時的新中學部，至此，海星中學乃逐漸成為一所完整的中學，並附設小學及幼稚園。一九九七年，由於具備初中程度的在職或失業人口眾多，譚神父再度秉承耶穌會的辦學精神，開辦夜中四、中五及中六課程。

　　 四十六年來，不管是在聖玫瑰學校還是海星中學，譚神父都是以博大的愛心，秉承耶穌會『促進正義，服務貧苦大眾』的辦學精神，以有教無類為辦學方針，以宣揚人生真道，廣揚基督福音為榜樣，其次為推廣人格教育，發展人性，研習科學，造福青少年為己任。至二○○二年七月，譚神父退修，改由蔡梓瑜先生接掌第三任校長之職。
　　 二○○二年，蔡梓瑜校長上任後，即對幼稚園部之課程及教學進行改革，用兩位正教老師教導一個班級，致力推動多元智能活動教學。在小學部，延續幼稚園兩位老師擔任一個班級的教學實驗。在中學部方面，努力推動課程、教學及評核的改革工作。
　　 二○○三年五月，耶穌會委託本校，開辦海星教育資源中心，本著『資源共享，以德經營』為宗旨，為澳門教育界提供教具、課程及遊學等教育服務。
　　 於二○○四年二月，開辦成人教育部，開展各種不同的課程，以提升社區居民的知識和技能，推廣持續進修的終身學習理念。